Nathu La nằm cách thủ phủ Gangtok của Sikkim 54 km (34 dặm) về phía đông và nằm cách thủ phủ Lhasa của Tây Tạng 430 km (270 dặm).[12][13] Vào mùa đông, tuyết rơi nhiều gây trở lại cho việc lưu thông qua đèo. Do tại Nathu La không có trung tâm khí tượng, nên không có dữ liệu khí tượng đo lường có hệ thống.[14] Tuy nhiên, tại khu vực cao hơn thuộc dãy Himalaya bao quanh khu vực, nhiệt độ mùa hè không bao giờ vượt quá 15 °C (59 °F).[15]

Nathu La có lớp đất tương đối nông, tiêu nước quá độ, thô và nhiều mùn trên một sườn dốc 30–50% với bề mặt nhiều mùn có sỏi, xói mòn vừa phải, chai đá vừa phải.[12] Có một số vùng đang bị hạ xuống và nhiều nơi trong đó bị nghiêng dẫn đến lở đất.[16] Nhằm bảo vệ môi trường dễ bị tổn hại của Nathu La bên phía Ấn Độ, chính phủ Ấn Độ quy định về lượng du khách. Bảo trì đường bộ là trách nhiệm của Cơ quan đường bộ biên giới, vốn là một nhánh của Lục quân Ấn Độ.[17] Bên phía Trung Quốc, đèo dẫn đến thung lũng Chumbi của cao nguyên Thanh Tạng.[18]